تُعد العقوبة هي الجزاء الذي يتبع تجريم سلوك معين يمنع الأفراد من إتيانه، وهي بذلك جزء هام من نظام قانوني متكامل ينطلق من الرغبة الجماعية في إضفاء الحماية للأفراد بمنع سلوكيات معينة وترتيب جزاءات للأفراد الذين يخالفون هذا المنع، وتختلف هذه العقوبة  باختلاف نوع الجريمة التي ارتكبت، وتعتبر قوات  السجون هي مصب العملية العدلية والآلية المنفذة لتلك العقوبات ولها دور كبير في  حفظ الأمن و هو دور هام ومتعدد الأوجه بداية من احتجاز المجرمين الذي يلعب دورا هاما في المساهمة في حماية المجتمع من الأفراد الذين يشكلون خطرًا على السلامة العامة وتوفر  السجون البيئة  التي تنقل   الأفراد الذين ارتكبوا السلوك الاجرامي من دائرة الأجرام الي دائرة المجتمع السليم عبر تطبيق وسائل الإصلاح ،مما يقلل من خطر ارتكاب المزيد من الجرائم من خلال إعادة تأهيل مرتكبي السلوك الأجرامي بتطبيق و  توفير برامج الإرشاد الديني و  التعليم والتدريب المهني والعلاج والارشاد  النفسي وتوفير الخدمة الاجتماعية التي تساعد في  تقليل احتمالية عودة المجرمين إلى الجريمة بعد الإفراج عنهم ومنع العود وإعادة الادماج في المجتمع.

وكان لإفراغ السجون اثر تمرد مليشيا الدعم السريع  تأثيرات خطيرة على المجتمع وتشمل هذه التأثيرات اولاً انضمام اغلب معتادي الاجرام الي صفوف المليشيا وارتكاب ابشع الجرائم في حق الشعب السوداني وثانياً.

الى زيادة معدلات الجريمة خاصة في المناطق التي سيطرت عليها المليشيا سابقا، مما تسبب في انتشار الخوف والقلق لدى المواطنين حتي بعد تحرير المناطق من سيطرة المليشيا مازال المواطنين يشعرون بالقلق وعدم الامان ،  لذلك كانت قوات السجون من أول القوات التي تسلمت مواقعها بعد تحرير اي منطقة ،وسارعت بتأمين السجون والعمل علي إعادة تأهيلها وصيانة ما تم تدميره تدميراً ممنهجاً وشرعت في إعادة تشغيل السجون لاستعادة الأمن والحفاظ علي النظام العدلي ، وكان لعودة قوات السجون الي ولاية الخرطوم دور كبير في تقليل الجريمة، وتوفير احساس الامان للمواطنين الراغبين في العودة الي الولاية كما شرعت السجون بعد حصر النزلاء الذين خرجوا من السجون بعد افراغها واستعادة سجلاتها في العمل علي آليات مختلفة لاعادة النزلاء الذين لم ينهوا فترة حكمهم مثل لجنة الحظر ، وهي لجنة لحظر جميع النزلاء من استخراج مستندات رسميه من رقم وطني او جواز ، والعمل علي اليات العمل البحثي الخاص بالسجون لاعادة النزلاء ،وتعتبر إعادة تشغيل السجون آلية فعالة في نشر الاحساس بالأمان لدي المواطنين و  حماية المجتمع من مهدد أمني كبير خاصة في فترة ما بعد الحرب.